Aun que es cierto que After Effects cuenta con muchos plugins de efectos, yo utilizo para generar cosas como agua o fuego el Particle Ilusion quizás no sea un programa especialmente potente, pero a mi de momento me sirve por que es muy rápido, el problema surge a la hora de exportar nuestra animación y luego integrarla, ya que si la exportamos como avi nos dejara el fondo negro, y casi siempre lo querremos transparente ¿Qué hacer? Importamos el archivo, y le ponemos Efecto> Canal > Definir Mate y en Utilizar como Mate elegimos luminancia y listo ya esta transparente.
Otra solución es no exportarlo como avi sino como secuencia de fotogramas Tiff o Tif, os saldra un cuadro de dialogo donde debereis elegir con canal alfa, después en after effects importamos seleccionado secuencia y mascara recto.